发生重大动物疫情时，应按照《中华人民共和国动物防疫法》、《重大动物疫情应急条例》等有关规定，采取综合防控措施。
根据有关法律法规规定，畜禽疫病分为三类：一类疫病，是指对人畜危害严重，需要采取紧急严厉的强制预防、控制、扑灭措施的疾病，主要包括口蹄疫、猪瘟、高致病性禽流感、鸡新城疫等。
二类疫病，是指可造成重大经济损失，需要采取严格控制、扑灭措施，防止扩散的疫病。其中，多种动物共患病主要有伪狂犬病、狂犬病、炭疽病、魏氏梭菌病、副结核病、布鲁氏菌病、弓形虫病、棘球蚴病、钩端螺旋体病等。
三类疫病，是指常见多发、可能造成重大经济损失、需要控制和净化的疫病。其中，多种动物共患病主要包括黑腿病、李氏杆菌病、类鼻疽、放线菌病、肝片吸虫病、丝虫病等。
发生疫病时，畜禽养殖场应及时采取以下措施：隔离病禽，指定专人饲养管理，同时尽快确诊；尽快向当地畜牧兽医行政管理部门报告疫情。
遇到下列情况应采取严格的隔离、扑杀措施———养猪场发生口蹄疫、猪瘟等，养牛场发生口蹄疫、牛瘟、牛传染性胸膜肺炎、炭疽病等，养羊场发生口蹄疫、小反刍兽疫、蓝舌病、炭疽病等，家禽养殖场发生高致病性禽流感、鸡新城疫等。除上述所列之外，需按照农业部颁布的规定执行。
在疫病发生期间，应对禽舍、道路及所有用具按《畜禽产品消毒规范》进行严格消毒，每天1~2次。饲料、粪便、病死畜禽要按《畜禽病害肉尸及其产品无害化处理规范》做无害化处理，在最后一只病畜禽治愈或处理后2周，再进行一次全面的大消毒，方可按规定程序解除隔离或封锁。对尚未出现疫病的畜禽进行紧急预防接种。
畜禽运输车辆应清洁卫生，车内无引起畜禽意外伤害的尖锐物品，车内地板防滑。畜禽运输时，应有足够的空间，使之能自然站立或卧着。伤残、患病畜禽不得运输。
