特点一：首次对中央预算执行情况作出总体评价
今年的审计报告改变了以往先表述中央预算执行具体情况的做法，而是立足于宏观管理和财政预算改革的全局，通过深入分析审计情况，有针对性地提出关于中央预算执行总体情况的审计评价。
审计署有关负责人在接受记者采访时指出，全面反映预算执行的总体情况，不仅能够为政府加强宏观管理提供重要依据，也有利于人大及其常委会更好地履行审查预算和监督政府预算执行的职责。
特点二：注重从体制、机制层面揭示问题
从近年来的审计报告不难看出，预算执行中的违法违规问题呈现逐年下降趋势。今年中央部门本级预算执行审计发现的问题中，仅有2%属于违法违规问题，而且有相当一部分违法违规问题是由于体制、机制不够完善等方面因素造成的。
因此，今年的审计报告，更加注重把握分析总体情况，从体制、机制层面揭示中央预算执行和其他财政收支中存在的突出问题。
在这些问题中，有些是多年以来一直没有得到彻底解决的，如“财政部批复的部分中央部门项目支出预算年初不细化”；有些是管理不严格、政策执行不到位造成的，如向不承担国债分销业务的社保基金理事会支付国债发行手续费”；有些是制度不够完善造成的，如“批准金融保险企业用工效挂钩办法核定的职工工资作为企业所得税纳税扣除额”；有些是改革的难点问题，如“部分专项转移支付设立时间长、分配数额相对固定，已成为对地方的稳定财力补助”。
针对这些问题，审计报告提出了一系列建议，希望通过深化改革、加强管理，发挥审计的建设性作用，从根本上促进这些问题切实得到解决。
特点三：注重揭示带有普遍性和倾向性的问题
今年的审计报告没有一一罗列被审计单位，没有更多地列举具体案例，而是注重在进行归纳分析的基础上，全面评价政策执行情况和效果，集中反映带有普遍性和倾向性的问题。
如：对铁路建设项目，主要揭示了“部分铁路项目建设管理中还存在违规转分包工程、多列预算、多结算工程款等问题”，并特别指明了有多少项目存在这些问题。
又如：对中央支农专项资金、农村义务教育经费、救灾资金、住房公积金、农村社会养老保险基金等民生资金，一方面着力揭示损害人民群众利益的问题，另一方面着力反映政策执行中存在的问题。
审计署有关负责人指出，从总体上集中反映带有普遍性和倾向性的突出问题，有利于引起重视，更能有效地为加强宏观管理提供决策依据，促进更好地研究和解决这些共性问题，提高中央预算管理的整体水平。
特点四：通篇体现绩效审计理念
今年的审计报告通篇体现了绩效理念，各项审计中都关注了绩效问题。
在对发展改革委的审计中，延伸审计调查了煤矿安全改造、危险废物和医疗废物处置设施建设、物资储备综合仓库安全改造和成品油储备库改扩建等3类投资专项的403个项目，发现“一些项目建成后未达到预期效果”等问题。
在对中央部门的审计中，发现“商务部、财政部等20个部门因预算编制不合理、项目执行进度缓慢等，2007年底共结余资金73.41亿元，致使这些资金当年不能发挥作用”。
在对国有企业的审计中，发现决策不当、管理不善造成“损失或潜在损失16.63亿元”，“有的企业套取转移资金存放账外、以委托理财名义挪用资金、骗取银行贷款用于炒股等造成国有资产流失5.72亿元”。
